Na okupowanych terenach hitlerowcy likwidują parafie ewangelicko-augsburskie, a duchownych wiernych Polsce, jako zdrajców narodu niemieckiego, wysyłają do obozów i więzień. Dotyka to także członków konsystorza – kolegialnej władzy Kościoła luterańskiego. Symboliczną postacią jest zmarły w obozie ks. biskup Juliusz Bursche. W wyniku strat wojennych oraz późniejszych przymusowych wysiedleń do Niemiec liczba wiernych Kościoła ewangelicko-augsburskiego w Polsce po 1945 roku stanowi połowę przedwojennego stanu.